أشارت دراسة أجريت في الدنمرك إلى أن شرب القهوة بانتظام لا يؤثر فقط على مجموعات الكائنات الحية في الأمعاء الدقيقة بل أيضا على وظيفة الجهاز الهضمي نفسه. وأشار الباحثون إلى أن الدراسة أظهرت، ‌مثل دراسات سابقة، أن لدى شاربي القهوة تنوعا في الكائنات الحية الدقيقة في أمعائهم  أكثر ممن يشربون القهوة بوتيرة أقل.
وقالت فرانشيسكا بوتشي، رئيسة فريق البحث من جامعة ‌كوبنهاجن، في بيان ​إن من يشربون القهوة باستمرار تزيد تقلصات القولون لديهم، وهو ما يمكن أن يدعم الهضم  الصحي ويساعد في الوقاية من الإمساك ويحافظ  على عضلات الأمعاء في حالة جيدة.
وأشار الباحثون في مجلة "جت مايكروبيولوجي" أيضا إلى أن مستهلكي ​القهوة يتمتعون ‌بمستوى حموضة أقل بشكل ​ملحوظ ​في الأمعاء الدقيقة. ولا يعرف الباحثون حتى الآن ما إذا كان انخفاض درجة الحموضة مفيدا أم ضارا لكنهم يشيرون إلى أنها تلعب دورا مهما في كيفية تكسير الطعام. وابتلع المشاركون في الدراسة، البالغ عددهم 61 شخصا، كبسولات إلكترونية صغيرة انتقلت عبر الجهاز الهضمي بهدف قياس ​درجة الحرارة ومستويات الحموضة وتقلصات الأمعاء، من بين أمور أخرى.