يساعد معجون الأسنان على التمتع بنفس منعش وأسنان ناصعة البياض، إلا أن أهم وظائف معجون الأسنان تتمثل في الحماية من التسوس. ويرجع الفضل في هذه الحماية إلى الفلورايد. غير أن المشكلة تكمن في أن بعض المعاجين لا تحتوي على هذا العنصر أو أنها لا تحتوي عليه بما يكفي. ويرى أطباء الأسنان بالإجماع أن الفلورايد هو العنصر الأساسي في معاجين الأسنان إذا كان الأمر يتعلق بالوقاية من التسوس. وأوضح البروفيسور ديتمار أوستررايش، نائب رئيس الجمعية الألمانية لطب الأسنان، أن بعض المنتجات تعتمد على زيت جوز الهند أو المريمية أو الشاي الأخضر للحماية ضد تسوس الأسنان، لكن هذا التأثير لم يتم إثباته علميا بشكل كاف.
ومن جانبه أشار البروفيسور الألماني أولريش شيفنر إلى أن هناك نقص في "الدراسات الدقيقة" بشأن المواد، التي ثبت أنها تمنع تسوس الأسنان في تجويف الفم. وعن أهمية الفلورايد، أوضح أوستررايش أنه يحدث في الفم تفاعل مستمر للبكتيريا، التي تشكل الطبقات المترسبة على الأسنان وتنتج الأحماض، والتي بدورها تعمل على إذابة المعادن من مادة الأسنان الصلبة. ويمكن أن يكون تسوس الأسنان هو النتيجة لذلك على المدى الطويل.