توصلت دراسة حديثة نُشرت في دورية "نيتشر كميونكيشنز" إلى أن شرب القهوة بانتظام يمتلك القدرة على إعادة تشكيل ميكروبيوم  الأمعاء جذرياً، والتأثير المباشر على "محور الأمعاء والدماغ"، والشبكة البيولوجية المعقدة التي تربط البكتيريا المعوية بالدماغ والصحة النفسية والجسدية.
وتتبّع الباحثون في الدراسة 62 بالغاً عبر مراحل مختلفة شملت الاستهلاك المعتاد للقهوة، ثم انقطاعاً قسرياً مدته أسبوعان، تلاه إعادة إدخال مضبوطة إما لقهوة تحوي الكافيين أو لقهوة منزوعة الكافيين، حسب موقع "هيلث".
وأظهرت النتائج أن لدى معتادي شرب القهوة ميكروبيومي معوي مميز يتضمن وفرة أكبر لسلالات بكتيرية معينة مقارنة بغير الشاربين، إلا أن هذه الأنماط انحسرت وتراجعت خلال فترة الانقطاع لتظهر سلالات كانت نادرة، قبل أن تعود للظهور مجدداً بمجرد استئناف الاستهلاك.
وأوضحت الدراسة أن هذه التغيرات البكتيرية جرت سواء كانت القهوة بالكافيين أم منزوعة منه، حيث يعود الفضل الأكبر في تحفيز عمل البكتيريا المعوية ومخرجاتها الكيميائية إلى المركبات النباتية المسماة "الأحماض الفينولية"، والتي تؤثر بوضوح في وظائف الجسم المتعددة، بدءاً من إشارات الدماغ وصحة الهضم وصولاً إلى كبح الالتهابات.
وأظهر المشاركون مستويات أساسية أقل من مؤشرات الالتهاب أثناء شرب القهوة، بينما ارتفعت تلك المؤشرات ملحوظاً خلال فترة الانقطاع التي استمرت أسبوعين، لتتحسن مجدداً فور إعادة شربها بأي صورة كانت سواء بالكافيين أو بدونه.