يتناول العديد من الاشخاص حبوب المغنيسيوم ولكنهم لا يشعرون بالتحسن من تناوله إذ يعد أهم الأسباب لعدم امتصاص الجسم للمغنيسيوم هو تناول القهوة مع المغنيسيوم فالقهوة تعمل على التقليل من فاعلية المغنيسيوم ويزيد من خطر التعرض للآثار الجانبية.
تعمل القهوة كمدر للبول، ما يؤدي إلى طرد السوائل من الجسم عبر البول. كما تتسبب في ترشيح المغنسيوم والمعادن الأخرى مثل الكالسيوم والصوديوم بسرعة من الجسم بدلاً من انتقالها إلى مجرى الدم.
لتفادي انخفاض مستويات المغنسيوم، يوصي الخبراء بتقليل استهلاك القهوة ومدرات البول الأخرى مثل المشروبات الغازية، وتشمل علامات نقص المغنسيوم في الجسم: فقدان الشهية والغثيان والقيء والخدر "التنميل" وتشنجات أو تقلصات عضلية ونوبات تشنجية.
يؤثر كل من المغنسيوم والقهوة على عضلات الجهاز الهضمي، ويمكن أن يحفزا حركة الأمعاء. المغنيسيوم "خاصة أنواع الكربونات والكلوريد والغلوكونات والأكسيد" يسبب في العادة آثاراً جانبية هضمية، مثل الإسهال والغثيان وتشنجات المعدة.
كما يمكن للقهوة أن تهيج المعدة، وشرب أكثر من 4 أكواب يومياً قد يزيد من خطر الإصابة بمرض الارتجاع المعدي المريئي أو القرحات.
شرب كثير من القهوة يمكن أن يسبب تسارع ضربات القلب أو عدم انتظام ضربات القلب. وتناول كميات زائدة من المغنسيوم يمكن أن يسبب أيضاً عدم انتظام في ضربات القلب أو توقف القلب.