تراجعت مساحة المحميات الطبيعية في السودان بنحو 30 في المئة بسبب عوامل التعرية الناجمة عن التغيرات المناخية والأنشطة البشرية الضارة. وحذر مختصون في مجال البيئة والحياة البرية من المخاطر الكببرة التي تواجه نحو 9 محميات برية وبحرية وصحراوية في السودان.

وفي حين تتعرض محميات برية كبيرة مثل محمية الدندر التي يبلغ عمرها نحو 80 عاما للانكماش بسبب القطع الجائر للغابات المحيطة بغرض التوسع في الزراعة وتجارة الأخشاب والفحم النباتي، تواجه المحميات المائية الواقعة على البحر الأحمر في شرق البلاد مخاطر وجودية حقيقية في ظل الآثار البيئية المتفاقمة الناتجة عن التوسع في أنشطة التعدين والاستخدام المفرط للزئبق والسيانيد.

كما تتعرض أنواع عديدة من الطيور مثل القمري السفاري الحباري بأنواعها إلى هجمة شرسة من الصيادين من داخل وخارج السودان بسبب قيمتها الغذائية والصحية العالية. وعلى الرغم من القوانين البيئية الدولية وقانون حماية الصيد والمحميات الطبيعية ، إلا أن الفترة الأخيرة شهدت تعديات كبيرة على المحميات الطبيعية في السودان تمثلت في الصيد الجائر الذي طال العشرات من الحيوانات النادرة. ونتيجة للتعديات التي تعرضت لها العديد من المحميات الطبيعية في السودان، انقرضت خلال الفترة الاخيرة العديد من أنواع الحيوانات البرية النادرة مثل التيتل والأسود والنمور الإفريقية وغيرها.